在第一季的结尾,小队成员“准星”因理念不同与小队分离,在第二季中,卡米诺事件已经过去了几个月,在银河共和国垮台后,新成立的银河帝国也开始了残暴的统治。99号克隆人部队(异等小队)在“猎人”的带领下将继续为自由而战,他们与曾经的战友“准星”重聚,在危险的征途上遇到新的朋友和敌人,他们要在变幻莫测的星系中奋力寻求谋生之路,同时帕尔帕廷皇帝、伍基人绝地冈吉等角色均有出现 。
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